Reúne as atividades necessárias para administrar o ISA dentro de regras acordadas coletivamente com as instâncias de coordenação de cada rotina, contemplando as diferentes formas de atuação de cada equipe dos programas e projetos.

A administração está assim setorizada:

Núcleo de Gestão de Contratos - planejamento financeiro, elaboração de orçamentos, relatórios gerenciais, rateio de despesas compartilhadas, monitoramento de projetos e prestação de contas para as agências financiadoras.

Setor Financeiro Contábil - contas a receber/cobrança, contas a pagar, tesouraria fiscal, controle financeiro de fluxo de caixa e relatórios contábeis.

Setor de Pessoal (administração do quadro de funcionários, admissões/demissões, preparação de folha de pagamentos, administração de mão-de-obra externa e administração de incentivos e benefícios).

Setor de Serviços Gerais e Suprimentos - compras, manutenção do patrimônio, comercialização de produtos, logística, apoio e serviços administrativos (participação em ventos, reserva e compra de passagens recepção, telefonia, portaria, xerox/encadernações, almoxarifado, copa, limpeza e conservação).

Setor de Serviços de Secretaria Geral (apoio aos programas e projetos, agenda institucional, apoio à Secretaria Executiva, reservas e compra de passagens).