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O Programa Xingu quer contribuir com o ordenamento socioambiental da Bacia do Rio Xingu, considerando a expressiva diversidade socioambiental que a caracteriza e a importância do corredor de áreas protegidas de 28 milhões de ha que inclui Terras Indígenas e Unidades de Conservação, ao longo do Rio Xingu.
O Programa Vale do Ribeira tem como objetivo contribuir para a construção de um modelo de desenvolvimento regional pautado na riqueza socioambiental da Mata Atlântica. Em parceria com associações quilombolas locais, prefeituras e organizações da sociedade civil, propõe e implementa projetos de desenvolvimento sustentável, geração de renda, conservação e melhoria da qualidade de vida das comunidades tradicionais da região.
O Programa Rio Negro (PRN) promove e articula processos e múltiplas parcerias a fim de construir uma plataforma de gestão transfronteiriça que visa a melhoria da qualidade de vida, valorização da diversidade socioambiental, segurança alimentar, desenvolvimento de uma economia responsável e produção colaborativa e intercultural de conhecimento na Bacia do Rio Negro.
O tema Povos Indígenas no Brasil do ISA é referência nacional na produção, análise e difusão de informações qualificadas sobre os povos indígenas no Brasil.
Mantém, desde o início da década de 1980, pesquisas sobre os índios no Brasil, e também uma ampla rede de colaboradores que contribui com informações e artigos para publicações impressas e para os sites do tema.
O Programa de Política e Direito Socioambiental (PPDS) tem como objetivo promover políticas públicas e assegurar a implementação de direitos que garantam um meio ambiente ecologicamente equilibrado e condições dignas de vida para populações indígenas e tradicionais. Atua nos poderes Executivo, Legislativo e Judiciário, propondo ações judiciais, elaborando análises e estudos, divulgando informações, acompanhando e intervindo na tramitação de projetos de lei, participando de fóruns da sociedade civil e conferências internacionais.
O Programa monitoramento de áreas protegidas produz, sistematiza e disponibiliza informações sobre Terras Indígenas (TIs), Unidades de Conservação (UCs), terras militares, glebas do Incra, reservas garimpeiras e outras terras de interesse público. Monitora a situação jurídica, demográfica, projetos governamentais, caracterização ambiental e empreendimentos em TIs e UCs. Os destaques são os sites De Olho nas Terras Indígenas e Unidades de Conservação no Brasil.